淨化工程主要的組成部分有六大部分，分別為：地麵係統、風管係統、自控係統、電氣係統、給排水係統、空氣過濾係統六大部分。
地麵係統：一般采用環氧樹脂潔淨地麵。 圍護結構係統：簡單說是頂、牆、地三部分，即組成三維密閉空間的六個麵。往細的說包括門窗、裝飾圓弧等；
風管係統：包括送風、回風、新風、排風管道、末端及控製裝置等；空調係統：包括冷（熱）水機組（包括水泵、冷卻塔等）（或風冷管道機級等），管路、組合式淨化空調箱（包括混流段、初效段、加熱段、製冷段、除濕段、加壓段、中效段、靜壓段等）；
自控係統：包括溫度控製、溫度控製、風量風壓控製、開啟順序和時間控製等；
電氣係統：照明、動力、弱電三部分，包括淨化燈具、插座、電氣櫃、線路、監控、電話等強弱電係統；
給排水係統：給水、排水管道、設施及控製裝置等；
空氣過濾係統：初中高效過濾器等其他淨化設備：如臭氧、紫外線燈、風淋（包括貨淋）、傳遞窗、超淨工作台,互聯鎖等淨化輔助設備
淨化工程可分為空氣淨化與水淨化工程，空氣淨化是在一定空間範圍內，將空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等汙染物排除，並將室內溫度、潔淨度、壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控製在某一需求範圍內的工程學科。淨化工程所特別設計的房間，不論外在空氣條件如何變化，室內均具有維持原先所設定要求之潔淨度、溫濕度及壓力等性能。